Les nouveaux ennemis, Nahane et Ohanefu, ainsi que les mystérieux nouveaux êtres monstrueux géants apparaissent de l'espace pour conquérir la Terre ! La clé de ces événements est le Shinkalion ALFA-X, qui a été secrètement développé par l'Ultra Evolution Institute... !? Pour Hayato et l'équipe Shinkalion, qui vivaient en paix, la bataille recommence.
Hayato ne peut cacher son anxiété après la disparition de son père Hokuto lors d'une attaque ennemie. Pendant ce temps, un Hokuto de 9 ans apparaît soudainement à travers le temps et l'espace ! Le jeune Hokuto, qui a traversé le temps avec les Glowing Particles, décide de devenir le pilote du Shinkalion ALFA-X, qui rassemble les dernières technologies pour protéger la Terre et la ramener à la normale. Ensemble dans leurs pensées, l'équipe Shinkalion, réunie de la branche Hokkaido, de la branche Yamagata, de la branche Ōmiya, de la branche Nagoya, de la branche Kyoto et de la branche Moji, affronte l'ennemi le plus puissant de l'univers.
L'équipe Shinkalion peut-elle protéger la paix et la sécurité du Japon !? Hayato pourra-t-il retrouver Hokuto !?
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