Tous les 1000 ans la planète Râmetal envoie une princesse sur Terre pour diriger en secret les terriens dans le but de capturer des humains avec de grandes capacités et de les envoyer sur la planète Râmetal, quand celle-ci sera proche de la Terre, où ils seront gardés comme esclaves. Cette princesse se nomme la princesse Millenium. En 1999, la fin du règne de la princesse Millenium approche, et les habitants humanoïdes de la planète Râmetal se réveillent de leurs longs sommeils et leur planète quitte son orbite pour se diriger sur la Terre. La princesse Millenium, dans la vie civile, est Sanae une jeune institutrice. Le problème pour elle c’est qu’après avoir passé pratiquement mille ans au contact des terriens, elle s’y est attachée et elle se rend compte qu’elle aime réellement les humains et n’arrive pas à faire son devoir de princesse Millenium. De ce fait elle essaye de trouver une manière pour une coexistence paisible entre les humains et les habitants de Râmetal. Mais ces derniers ne veulent rien savoir et décident t’attaquer la Terre. Quel va être son choix : aider les humains ou accomplir son devoir de princesse Millenium ?
Adapté de la saga de mangas Queen Millennia de Leiji Matsumoto