Atelier Ryza 3 se déroule environ un an après les événements d'Atelier Ryza 2. Des îles étranges ont commencé à apparaître à travers le monde, incitant Ryza et ses amis à se lancer à nouveau dans une dernière aventure pour enquêter. Des paysages tentaculaires préparent le terrain pour cette nouvelle aventure. L'histoire approfondit également l'histoire de l'alchimie et des alchimistes.
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