Bien qu'étant le dernier jeu de la trilogie, Atelier Lilie se déroule avant ses prédécesseurs. Le décor du jeu est toujours à Salbourg, mais vingt ans avant Atelier Marie: The Alchemist of Salburg et plus de vingt-cinq ans avant Atelier Elie: The Alchemist of Salburg 2. Le jeu introduit quelques nouveaux personnages dans la série, mais aussi présente des versions plus jeunes des personnages des précédents jeux de Salburg.
Après son arrivée à Salbourg, la principale protagoniste du jeu, Lilie, espère construire une académie d'alchimie dans le Royaume. L'alchimie est gravement sous-développée par rapport au royaume d'El Baldor, qui abrite de nombreux alchimistes talentueux.
Parce que Salbourg n'a jamais vu l'alchimie, Lilie doit prouver au roi Schigsal les bénéfices de l'alchimie. Travaillant dans un petit atelier en ville, Lilie fera appel à deux brillantes étudiantes en alchimie d'El Bador, Hermina et Ingrid, pour l'aider dans son travail.
L'objectif principal de Lilie est de rassembler toutes les aides possibles pour que l'académie puisse être construite. Le jeu a 12 fins possibles.
Une version "Plus" avec quelques ajouts supplémentaires est sortie le 04/04/2002.
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