Ce film fait suite à la 3eme série/saison de Uchuu Senkan Yamato apportant une conclusion à la saga.
Il y a de cela 4 milliards d'années, alors la Terre n'était encore qu'une masse de magma en fusion, la planète Aquarius traversa le système solaire, déversant sur sa route des trombes d'eau et semant ainsi les graines de la vie. En l'an 2203, Aquarius surgit à nouveau de la nébuleuse galactique, mais la vie qu'elle a donnée lors de son premier passage pourrait bien cette fois être reprise...