Gate est le principal antagoniste du jeu. Jadis membre d'une équipe de recherche aux côtés d'Alia, ce chercheur Réploïde très brillant, responsable de la création de Réploïdes extrêmement avancés, est depuis tombé en disgrâce. Isoc est l'énigmatique assistant de Gate. Pour des raisons inexpliquées, il semble obsédé par Zero, au point de prétendre tout connaître sur lui. High Max est l'ultime création de Gate. Chargé d'enquêter sur le Nightmare, ce puissant Réploïde est à même de rivaliser avec les pouvoirs combinés de X et de Zero
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