En plus de regrouper les DLC de la version précédente, cette version améliore l'histoire d'Atelier Shallie en ajoutant davantage d'éléments d'histoire des jeux précédents. L'ajout de Logy et Ayesha à l'intrigue entraîne la révision de nombreuses scènes et une intrigue secondaire supplémentaire mettant en vedette la graine de Flameu est ajoutée. Il y a aussi beaucoup plus de scènes qui étoffent le scénario original avec les Shallies, comme la scène de dispute en cours d'extension. De nouveaux costumes ont été ajoutés au jeu, dont certains ne pouvaient être débloqués que sous forme de bonus de précommande. De plus, la version Premium comprenait de nouveaux costumes pour les Shallies basés sur Sophie et Plachta de l'Atelier Sophie. Le donjon DLC est inclus, avec l'ajout de nouveaux superboss stimulants.
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