En l'an 2220 (17 ans après l'histoire du précédent film, Final Yamato), un trou noir errant s'approche du système solaire et détruira sûrement toute vie sur Terre. La décision a été prise d'évacuer toute la population sur une planète de l'Alliance interstellaire d'Urup, mais des opposants, de nommant SUS complote pour faire échouer les opérations, pour des raisons qui leur sont propres. À l'insu du reste de l'Alliance, les deux premières flottes d'émigration terrestre sont attaquées et détruites par les forces du SUS. Yuki (Mori) Kodai était le capitaine de l'une des escortes du cuirassé et est présumé perdu.
Le SUS trompe le reste du conseil de sécurité de l'Alliance en lui faisant croire que les flottes terrestres ont attaqué les navires de l'Alliance sans provocation. Le conseil vote donc pour autoriser les attaques contre les vaisseaux terriens. De retour sur Terre, la nouvelle des attaques est reçue et le Yamato est ressuscité du champ de glace du Verseau pour diriger l'escorte de la troisième flotte d'émigration. Il est dirigé par le mari de Yuki, Susumu Kodai.
Non renseigné