Dix ans se sont écoulés dans le système solaire de Lem. Pendant tout ce temps, le Sidonia sous les ordres du commandant Kobayashi, s'est préparé et a bâti un plan pour vaincre les Gaunas qui occupent ce système solaire. Une partie des habitants du Sidonia veulent, en effet, coloniser la septième planète qui est habitable et, après des siècles d'errance dans l'espace, ne peuvent abandonner une telle opportunité.
De son côté, Tanikaze est devenu le pilote le plus renommé et respecté du vaisseau, influençant la nouvelle génération. Il s'est aussi rapproché de Tsumugi malgré leurs différences, mais la bataille finale qui approche, où ils devront mettre leur vie en jeu en même temps que l'avenir de l'humanité, ne leur offre qu'un avenir incertain. (Source : anime-kun)
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