Le jeu suit un scénario alternatif à partir de la fin du premier arc de l'histoire originale, dans lequel un problème fait que Kirito et les autres joueurs restent dans Sword Art Online malgré la défaite de Heathcliff et des joueurs d'autres VRMMORPG, tels que le deuxième et le troisième arc. Les protagonistes Leafa et Sinon se laissent eux-mêmes entraîner dans le jeu.
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