Le jeu se base sur les évènements de Shin Megami Tensei. À la fin de ce dernier, un combat fait rage entre les membres du Culte de Gaia et ceux de l'Ordre de Mesia dans la Grande Cathédrale érigée par ces derniers.
Cela provoque la destruction de la Grande Cathédrale. Les survivants se réunissent pour former une société qui se compose alors aussi bien de partisans du Culte que de partisans de l'Ordre.
Il reste difficile de survivre dans l'environnement hostile qu'était devenu Tokyo. L'Ordre de Mesia qui prêche l'avènement d'un sauveur attire alors de plus en plus de croyants. Finalement, sur les ruines de l'ancienne Grande Cathédrale, une cité se bâtit par l'Ordre. Cette cité se nomme Tokyo Millenium. L'environnement se détériorant, l'extérieur de Tokyo Millenium est devenu inhabitable. (Source : Wikipedia)
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