Le jeu prend place à Rhode. Il est la suite de "Pokémon Colosseum", sorti un an plus tôt. Les deux jeux se rapprochent grandement, mais le scénario n'est pas le même. Les évènements de "Pokémon XD, le souffle des ténèbres" prennent place cinq ans après ceux de "Pokémon Colosseum"
Dans ce jeu, on retrouve un jeune dresseur parcourant le région désertique de Rhode, accompagné d'un Evoli. Le Groupe Ombre, déchu il y a de ça cinq ans, relance la production de Pokémons obscurs, et kidnappe 83 Pokémons afin de les transformer en Pokémons Obscurs et ainsi conquérir le monde. Le joueur a pour mission de "snatcher" (attraper) puis de purifier ces Pokémons obscurs à l'aide d'un processus spécial appelé la "purification". Il y a deux modes de purification : l’entraînement, la purification au temple de Célebi à Samaragt puis l'envoi dans le purificateur du labo Pokemon et le fait d'empêcher le Groupe Ombre de créer le Pokémon obscur impurifiable (un Lugia Obscur) appelé XD0001, d'où le nom du jeu. Ces Pokémon obscurs sont dotés de pouvoirs noirs (ou attaques obscures) "super efficaces" contre tous les types de Pokémon, sauf les Pokémons obscurs. Pour pouvoir correctement purifier un Pokémon il faut créer une chaîne parfaite dans le purificateur (feu>glace>plante>eau>feu...).
Source : Wikipedia
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