Au Lycée Yasogami, lors du festival culturel, une étrange cloche sonne. Pendant ce temps, les membres du groupe parascolaire spécialisés exécution Squad ( SEES ) se trouvent transportés dans l'ascenseur "Velvet Room".
Suite à la découverte d'un labyrinthe caché en dessous de l'école, les deux groupes se rencontrent et explorent la région, la luttent contre les "ombres" le long du chemin, afin de restaurer les souvenirs de nouveaux personnages Zen et Rei...
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