Ninja Master suit les conventions de nombreux jeux de combats 2D précédents publiés pour Neo-Geo. Le joueur doit vaincre son adversaire au combat dans une série de deux matches gagnants sur trois. Les personnages peuvent choisir d'utiliser l'arme du personnage ou de se battre au corps à corps au milieu du combat. Comme la série Art of Fighting, Ninja Master propose un super compteur.
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