L'histoire de Langrisser V est étroitement liée à celle racontée dans Langrisser IV : les deux jeux forment une sorte de sous-série au sein de l'univers de Langrisser.
L'intrigue du jeu tourne autour de Sigma, un humain artificiel créé par le grand sorcier et scientifique Gizarov. Un jour, Sigma est réveillé de son sommeil à l'intérieur d'un cristal de stockage dans l'un des laboratoires de Gizarov par Lambda, une fille également créée par le scientifique. Apparemment, un puissant seigneur nommé Rainforce a envahi le laboratoire de Gizarov avec l'intention de le détruire. Pendant ce temps, un puissant humain artificiel appelé Omega, un autre "enfant" de Gizarov, distrait Rainforce. Les deux héros fuient vers Regenburg, un pays sous le règne de Gizarov, pour découvrir qu'ils vont bientôt devoir arrêter un mal plus grand qui met le monde en danger : un nouveau chef des ténèbres, qui est à la recherche de la puissante épée maléfique Alhazard...
Langrisser V propose un gameplay classique de style Langrisser : vous préparez vos unités avant une bataille, achetez des objets, etc., puis au combat, vous contrôlez différents types d'unités de l'armée (archers, piquiers, etc.), aux côtés des généraux. Le "Système de Jugement" du jeu précédent est de retour : vos unités peuvent effectuer plusieurs mouvements par tour en fonction de leur "niveau de jugement". Comme dans Langrisser III, il y a un élément de "simulation amoureuse" dans le jeu : à certains moments, vous devrez choisir entre différentes réponses qui détermineront le développement ultérieur de votre relation avec les membres féminins du groupe.
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