Le colonel Bassad, dictateur d'un petit pays, est devenu une menace et rassemble une armée de soldats, de robots et de mutants extraterrestres. Bassad s'est allié à une entité extraterrestre inconnue pour sa tentative de domination mondiale. Ray Poward (de retour de Contra: Hard Corps) est déployé pour contrecarrer le plan de Bassad avec trois des nouveaux membres de l'équipe Hard Corps: Tasha, une mercenaire, CD-288, un robot, et Bubba, un extraterrestre.
Le jeu marque le saut de la série vers des graphismes en trois dimensions et des changements controversés dans le gameplay. Legacy of War est sorti avec une paire de lunettes anaglyphes 3D, prises en charge par le jeu. Il est aussi le premier jeu console de la série à conserver à la fois le titre Contra et les personnages humains lors de sa sortie en Europe et en Australie (où la série console a été connue sous le nom de Probotector depuis le premier jeu NES jusqu'à Contra: Hard Corps). (Source : Wikipédia)
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