Cinq ans après les événements de Super Probotector : The Alien Rebels, un groupe terroriste mené par le renégat Colonel Bahamut a volé un artefact alien récupéré lors de la guerre et a l'intention de l'utiliser pour produire des armes d'un genre nouveau.
A la place des héros habituels de la saga Contra, Bill Rizer et Lance Bean, une nouvelle équipe appelé les Hard Corps (composée de 4 membres) est envoyée pour gérer la situation. Le jeu a des embranchements scénaristiques qui donnent accès à plusieurs fins possibles.
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