Directement après Thunder Force III, l'empire ORN est considéré comme vaincu, mais la fédératino galactique souffre encore d'attaques hostiles qui ne font qu'augmenter. Il s'agirait du "Vios", une armée des forces restantes de l'ORN et de leurs alliés.
La découverte de leurs quartiers est suivie d'une bataille se soldant par un échec de la part de la Fédération Galactique, elle construit un nouveau vaisseau, le FIRE LEO-04 Rynex, pour éliminer Vios pour de bon.
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