L'histoire se déroule 4 ans après le premier volet. L'Empire reconnaît la menace que peut représenter le Royaume d'Avernum pour la stabilité de l'Empire et lance une vaste campagne d'invasion. Pour rendre les choses encore plus difficiles, d'étranges barrières magiques font leur apparition dans les cavernes, isolant des portions entières du Royaume, parfois à l'avantage des Avernites, parfois à l'avantage de l'Empire.
Votre équipe de personnages rencontre une des créatures responsables de l'apparition des barrières magiques et est invitée à rencontrer la race Vahnatai. Une fois cette rencontre effectuée, les Vahnatais vont se rallier à la cause Avernite, et ensemble repousseront l'armée de l'Empire.
Avernum II: Crystal Souls est le 2eme remake de Exile II: Crystal Souls après Avernum 2.
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