L'histoire commence pendant la septième année du mandat de Créon, lorsque la reine Rhéa est enlevée. Le héros du jeu, Seth, qui fait partie des Compagnons de la reine, mène l'enquête et lève peu à peu le voile sur un complot politique dont les enjeux le conduiront à percer le mystère des origines de la civilisation atlante. Au cours du jeu, Seth voyage hors de l'Atlantide et se rend dans plusieurs lieux historiques fameux, comme le sanctuaire de Stonehenge, le Spitzberg ou l'Île de Pâques.
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