Un mystérieux géant qu'on surnomme "Ryu no Shippo" est apparu dans le monde. Au vu du danger qu'il pourrait représenter, les membres de la section Keroro font une recherche mondiale sur le dragon géant, mais Tamama disparaît soudainement.
Le groupe parti à sa recherche finit au Mont-Saint-Michel où ils y rencontrent une mystérieuse fille nommée Sion qui détient le "Ryu no Hon", un livre sur les dragons.
Cette mystérieuse fille est-elle liée au dragon géant ?