En l'an 0079 UC, à la fin de la guerre d'un an entre la Fédération de la Terre et la Principauté de Zeon, les colonies spatiales de Side 4, également appelé Moore, ont été préalablement détruites par une attaque de la Principauté de Zeon durant laquelle de nombreux colons ont perdu la vie. Side 4 est devenue une zone remplie d'épaves de vaisseaux de guerre et des ruines de l'ancienne colonie, continuellement balayée par les éclairs de foudre résultant des collisions électriques des ruines de la bataille. Ce qui lui valu le surnom de "secteur Thunderbolt".
La Fraternité de Moore, une unité des Forces de la Fédération de la Terre composée de survivant de la colonie Side 4 se déploie afin d'exterminer les forces de Zeon dans le secteur Thunderbolt afin de récupérer leur patrie. Pour contrer l'avancée de la Fédération, les forces de Zeon déploient leur propre bataillon nommé Division Living Dead, qui fut à l'origine instituée afin de collecter les données de combat des soldats équipés de prothèses.
Io Fleming, bien que membre de la Fraternité de Moore, déteste être soumis à l'autorité de sa patrie et lié à l'histoire de sa famille. Daryl Lorenz, ayant perdu ses jambes au combat, est désormais un sniper d'élite de la Division Living Dead. Lorsqu'ils se retrouvent confrontés sur le champ de bataille, ils aboutissent à une prise de conscience mutuelle. Ces deux-là sont destinés à s'entretuer... (source : Nautiljon)
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