En l'an 2000, deux milliards d'êtres humains ont péri lors du Second Impact. 15 ans plus tard, un calme étrange règne sur Tokyo-3. Les forces de l'ONU ont invité les habitants à se réfugier dans les abris. Au QG de la NERV, militaires et scientifiques attendent nerveusement la confirmation du retour des Anges, ces créatures étranges qui semblent avoir été la cause du Second Impact. Pendant ce temps, Shinji recherche le colonel Misato Katsuragi, membre de la NERV. Il ne sait pas encore qu'il jouera un rôle central dans le combat contre les Anges en prenant les commandes d'une Eva, une étrange machine fusionnant avec son pilote.