Ys II reprend immédiatement là où Ys s'était arrêté. Adol Christin est transporté sur l'île flottante d'Ys, où il rencontre une jeune femme nommée Lilia. Elle emmène Adol chez elle, Lance Village. C'est ici qu'il commencera sa quête pour percer les secrets d'Ys, et enfin, débarrasser Esteria du mal.
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