L'histoire se déroule en 2004. Sam Fisher un ancien commando de marine de l'US Navy SEALS devenu agent d'élite d'Echelon 3, une entité secrète de la NSA (National Security Agency). Hyper-entraîné dans l'art du déplacement furtif, de l'infiltration et de l'utilisation des technologies de la guerre de l'information, il sait se glisser d'une zone d'ombre à l'autre afin de réaliser les objectifs qui lui ont été assignés (collecte de renseignements, sabotage...), tout en se méfiant des gardes qui n'hésiteront pas à l'abattre s'il n'est pas assez discret pour se faufiler derrière eux sans être vu.
Son but premier est d'empêcher une troisième guerre mondiale entre les États-Unis et la Chine. Pour cela, il devra opérer en Géorgie, en Chine et sur le sol américain. Ses objectifs seront variés, de l'enlèvement à l'espionnage, en passant par le sauvetage d'alliés.
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