Dernier volet de la saga produit par SNK avant que celle-ci ne soit rachetée, c'est principalement une évolution de la recette appliquée pour l'opus 99 avec ses Striker.
Après l'incident du précédent tournoi, le commandant de l'équipe Ikari, Heidern, est déterminé à trouver l'objectif de l'organisation du NESTS afin de mettre fin à leur ambition. L'un de ses vieux amis, Ling, l'informe que K' et Maxima étaient d'anciens agents secrets du NESTS et qu'ils pourraient détenir de précieuses informations sur l'emplacement de cette mystérieuse organisation. Heidern décide alors de concentrer ses efforts en se servant du prochain tournoi du King of Fighters pour attirer et capturer K' et Maxima.
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