L'histoire de Star Ocean: Integrity and Faithlessness a lieu en S.D 537 (A.D 2623), entre Star Ocean: The Second Story and Star Ocean: Till the End of Time, les opus n°2 et 3 de la saga Star Ocean. Elle se passe sur la planète Faykreed, à 6000 années lumière de la Terre.
L'histoire commence sur une planète à faible développement technologique qui se retrouve plongée dans le chaos suite au premier contact avec une race bien plus avancée maîtrisant le voyage spacial. Le personnage principal, Fidel Camuze, 23 ans, est le protecteur de son village. Parmi les autres personnages, on trouve Miki Sauvester, amie d'enfance de Fidel, et Relia, une mystérieuse jeune fille amnésique trouvée par Fidel et Miki.
L'histoire propose plusieurs fins en fonction des décisions du joueur.
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