Space Harrier II se déroule dans la Fantasy Zone, un univers surréaliste et coloré, mais plus sombre que ceux des précédents opus. Harrier revient pour délivrer la planète de la tyrannie imposée par le Dark Harrier. En l'an 6236, 4 000 ans après les événements se déroulant dans le jeu précédent, Harrier reçoit un appel de détresse émanant du 214e secteur. Arrivé sur place grâce à un portail de téléportation galactique, il est confronté à une horde d'aliens et à une faune et une flore hostiles.
Harrier est le personnage principal, équipé d'un canon sous le bras, qui lui permet de voler dans les airs. Dark Harrier, le boss final, est un doppelgänger d'Harrier.
Si le jeu reste considéré comme une suite à part entière, avec un contenu inédit, il ne demeure pas moins qu'une simple conversion camouflée de Space Harrier sorti trois ans plus tôt, proposée sur la Mega Drive dès son lancement pour gonfler la ludothèque à la disposition des joueurs.
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