Exaspéré que Sonic se mette en travers de son chemin et contrecarre constamment ses plans diaboliques, le Dr. Robotnik décide d'en finir une bonne fois pour toutes avec son ennemi juré, qu'il capture et jette dans une cellule piégée, lui promettant une mort certaine, en haut de sa tour Eggman's Tower. Malheureusement pour lui, Sonic parvient à s'échapper, et compte bien déjouer ses plans une fois de plus...
Ce jeu introduit deux nouveaux personnages jouables dans l'univers de Sonic, un écureuil volant du nom de Ray, et un tatou du nom Mighty.
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