L'action se déroule au XVIIIe siècle au Japon, plus précisément entre 1788 et 1789. Des libertés sont prises avec l'Histoire, permettant l'utilisation de personnages étrangers, déjà morts ou ne pouvant être nés à cette période.
Tout en reprenant les caractéristiques de base de Street Fighter II, Samurai Shodown voit son gameplay enrichi de nombreuses modifications, comme l'utilisation d'armes blanches, une jauge POW se remplissant au fil du combat et permettant de déclencher des attaques plus puissantes (une sorte de barre de furie), ou un système de zoom similaire à celui d'Art of Fighting.
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