L'épisode III avait la particularité de s'intercaler entre le premier et le deuxième, introduisant un nouvel ennemi, Zankurô Minazuki. Cette histoire est prolongée ici, ce qui fait que ce Samurai Shodown IV se situe après le III mais toujours avant le II. Ce nouvel opus forme avec son prédécesseur un mini-chapitre dans la série.
Nous sommes en 1789, soit un an après les évènements de Samurai Shodown. Après avoir été défait à la fin de cette quête, Amakusa est revenu à la vie. Il a désormais dressé par magie un château dans la province japonaise d'Hizen, à Shimabara, et a de nouveau le projet de conquérir le monde. Il a kidnappé la ninja Hazuki Kazama pour utiliser son énergie afin d'emprisonner Zankurô. Cette fois, l'issue ne pourra donc qu'être que terrible, car vaincre Amakusa équivaudra à libérer un danger encore plus grand...
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