Final prend place après plusieurs guerres contre les Bydo, l'ennemi majeur des séries R-Type.
La première mission du joueur consiste à rechercher un mystérieux ennemi dans une colonie spaciale échouée, les restes d'un plan de bataille à large échelle au nom de code "Opération Dernière Danse", dont l'objectif était d'éradiquer les Bydo une bonne fois pour toutes...
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