Transformé en Pokémon, le joueur doit découvrir quels secrets renferme l'univers des Pokémon en venant en aide à ses habitants. Les donjons sont générés aléatoirement et il est possible d'accomplir de nombreuses missions pour acquérir les matériaux nécessaires au développement du domaine de Pokéden. Des donjons supplémentaires peuvent être générés via l'appareil photo intégré dans la 3DS.
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