Un groupe d'élite de trois jeunes Ninja Commandos (Joe Tiger, un descendant américain du ninja Kōga-ryū dont les armes sont des shuriken, Ryu Eagle, le 23e descendant du célèbre ninja Fūma Kotarō (de World Heroes), qui utilise des boules de feu magiques ninja au combat, et Rayar Dragon, la femme ninja du groupe, une fille britannique qui a appris les voies du ninjutsu Iga-ryū et dont l'arme est un arc avec des flèches enflammées) du monde entier doivent faire équipe pour arrêter le méchant Spider et sa Mars Corporation d'utiliser une machine à remonter le temps pour détruire le passé et contrôler l'avenir. Les trois héros poursuivent leur ennemi au cours de sept périodes, dont la période Sengoku au Japon (où Ryu venge son ancêtre en tuant Oda Nobunaga), l'Égypte ancienne (combattant une reconstitution flottante de Toutankhamon), l'âge de pierre, la Chine à l'époque de Trois Royaumes (lutte contre Lu Bu) et la Seconde Guerre mondiale.
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