L'intrigue tourne autour de White Bomberman et Black Bomberman ainsi que de nombreux autres combattants se réunissant pour le tournoi Bomberman avant que le professeur Bagura n'apparaisse dans une forteresse mobile pour gâcher le tournoi et kidnappe les combattants en les mettant dans des cages. Bomberman décide de sauver leurs amis et d'arrêter Bagura aux côtés d'Atomic Bomber, une nouvelle création sous ses ordres. Le jeu présente des similitudes avec Super Bomberman 4, car il a été développé par la plupart des membres de la même équipe.
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