3e opus de la série sorti exclusivement au Japon, il couvre les arcs de l'examen chūnin à la recherche de Tsunade.
Le jeu introduit des nouveaux personnages tels les «ninjas légendaires» Jiraya et Tsunade, ou les genin Temari, et Chôji Akimichi qui viennent compléter les équipes de 3 de personnages déjà existant dans la version précédentes (Kankurô et Gaara pour Suna, Shikamaru Nara et Ino Yamanaka pour une des équipes de Konoha).
Les personnages existant dans les opus précédents sous deux formes (comme Kakashi Hatake avec ou sans Sharingan, Naruto Uzumaki ou Sasuke Uchiwa) ont été maintenant combinés, et il est facile de passer d'un mode à l'autre par une simple combinaison de touches. Pour les personnages n'ayant pas deux modes, cette combinaison permet d'activer un nouveau coup spécial.
Un nouveau mode de combat fait également son apparition. Comme dans la série The King of Fighters, il est possible dans trois des batailles d'utiliser des équipes de 3, et de bénéficier ainsi d'une nouvelle attaque spéciale en équipe.
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