Alors qu'il tente d'échapper à Scorpion dans les puits de Netherealm, Quan Chi découvre un tombeau antique qui contient les restes des corps momifiés de la très puissante armée du Roi du Dragon, le premier empereur de l’Outworld. Quan Chi décide alors de trouver une manière d'implanter des âmes de guerriers pour ressusciter entièrement cette armée maléfique. Pour parvenir à ses fins, il propose une alliance avec le sorcier maléfique Shang Tsung et lui promet l'immortalité s'il accepte de l'aider à ressusciter l'armée. Shang Tsung accepte et l'Alliance Mortelle ("Deadly Alliance") est ainsi créée. Toutefois, avant de prétendre à une domination totale des royaumes, les deux sorciers décident de détruire les seuls deux êtres qui pourraient empêcher leur objectif de conquête absolue. Le premier était Shao Kahn, l'empereur de l’Outworld. Une fois tué, ils ont alors voyagé vers l’Earthrealm au moyen d'un portail mystique puissant connu seulement des deux sorciers et de certains dieux, et ont attaqué le champion incontesté des Mortal Kombat : Liu Kang. Alors que Tsung était clairement en train de perdre le combat, Quan Chi s'est joint à lui et ont finalement pris le dessus ; Shang Tsung était hargnement désireux de prendre sa revanche sur sa défaite contre Liu Kang dans le premier Mortal Kombat...
Liu Kang est mort.
Après avoir consommé son âme, ils sont revenus dans l’Outworld où les âmes des guerriers défaits sont utilisées pour ressusciter l'armée du Roi de Dragon. S'ils réussissent, les deux sorciers seront invincibles. En attendant, dans l’Earthrealm, une autre alliance est formée par Raiden et les plus grands guerriers du royaume de la Terre afin de combattre la nouvelle alliance du Mal...
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