Madden 06 introduit le mode Superstar, qui permet au joueur de créer et de prendre le contrôle d'un joueur de la NFL depuis sa première année jusqu'à sa retraite. Le mode Superstar est essentiellement le mode Franchise de Madden vu à travers les yeux de cet athlète. Plutôt que de gérer le front office de l'équipe, le joueur gère la carrière de son athlète.
Il comprend également le nouveau QB Vision Control. Un cône, apparaissant comme un projecteur émis par le quarterback, simule son champ de vision. Pour effectuer une passe précise, le quart-arrière doit avoir son receveur prévu dans son champ de vision. Passer à un récepteur qui ne se trouve pas dans le cône réduit considérablement la précision de la passe. La taille du cône de vision du quarterback est directement corrélée à son niveau de Conscience.
La bande originale de Madden NFL 06 présentait l'intégration d'EA Trax qui comprend Avenged Sevenfold, Tech N9ne, Memphis Bleek, Slim Thug, Disturbed, Foo Fighters et bien d'autres artistes hip hop/rock.
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