Le jeu se déroule sur 18 niveaux, se déroulant dans la ville des Indestructibles (Les 5 premiers niveaux et le tout dernier) ou sur l'île de Nomanisan (Pour tous les autres). Vous dirigerez donc Mr Indestructibles/Robert Parr (Selon le niveau), Elastigirl, Flèche ou Violette.
À chaque fois, vous devrez vous servir d'une de leurs capacités spéciales pour terminer les niveaux. Par exemple, Mr Indestructible se servira de sa force pour soulever de lourds objets et pouvoir continuer sa route, Elastigirl pourra s'étirer pour atteindre des lieux ou éliminer des rivaux à distance, Violette pourra se fondre dans le paysage et Flèche pourra aller très vite pour échapper aux ennemis. Notons que seuls 2 niveaux sont jouables par Flèche et qu'un seul est jouable par Violette, malgré un niveau ou les 2 sont jouables en même temps.
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