Le jeu se déroule en 2030, entre les histoires racontées dans Ghost in the Shell : Stand Alone Complex et Ghost in the Shell : S.A.C. 2nd GIG. En 2030, la cybercriminalité, l’espionnage et le terrorisme ravagent une société perdue entre l’humanité et la technologie. En tant que membre de confiance de l'organisation gouvernementale connue sous le nom de Section 9, le major Motoko Kusanagi doit découvrir la vérité derrière une mystérieuse affaire connue uniquement sous le nom de T.A.R.
Après que la section 9 ait saisi le marché noir des surplus d'armes de la Force d'autodéfense japonaise dans le port de Nihama, le suspect est décédé pour une raison inconnue. Au cours de l'enquête de Batou, il a découvert que le suspect effectuait un travail de transport d'un lot de riz micromachine. Ensuite, la section 9 a tracé la piste jusqu'à l'ancien complexe de recherche militaire appelé « Région autonome de Tohoku ». Par conséquent, Batou et Motoko infiltrent l'établissement pour révéler le complot derrière ce riz.
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