Fort Boyard Millenium est une adaptation sur PC du célèbre jeu télévisé. L'histoire met en scène un certain Arok qui, aidé de sa cohorte de créatures mi-hommes mi-bêtes, prend possession du fort. Anna et Guilliam sont tous les deux capturés et se retrouvent ainsi prisonniers. Il leur faudra résoudre des puzzles et éviter moult pièges pour réussir à s'échapper de cette prison de pierre.