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L'histoire prend place dans le monde d'Orience, une large terre divisée en quatre pays : le royaume féodal de Rubrum, l'empire de Milites, l'Alliance de Lorica et le royaume de Concordia. Chacun de ces pays possède un cristal qui est localisé dans les Peristylium de chacun. Les Peristylium sont des sortes de villes capitales qui renferment le cœur administratif des pays. Les cristaux y apportent la prospérité et la paix, d'autant plus qu'un traité de paix a été signé entre les quatre nations : la Pax Codex.
En l'an 842, le Maréchal Cid Aulstyne prend le pouvoir en l'absence inexpliquée de l'empereur. Celui-ci décide de violer le saint traité et de partir à la conquête des autres pays. L'assaut est d'abord lancé sur Lolica et Concordia puis sur Suzaku, le Peristylium de Rubrum. Toutefois, Suzaku possède une école spécialisée dans la magie qui va tenter de défendre le cristal et le pays. C'est alors que les quatorze élèves de la prestigieuse Class Zero se lèvent et partent en guerre face à cet empire, avec en tête la légende : quatre lumières ont créé avec l'aide des humains le monde d'Orience, dont l'avenir est voué par un phénomène nommé Finis que seul un guerrier désigné sous le nom d'Agito pourrait empêcher. Chacun des élèves aspire à devenir ce héros légendaire...
