Dans le monde de SaGa 3, un être non sensible appelé l'Entité Eau engloutit le monde dans une grande inondation. L'Entité de l'Eau invoque également des monstres sur la terre et les villes basses sont abandonnées. Alors qu'un groupe de quatre guerriers entreprend d'affronter l'entité, plusieurs jeunes du futur arrivent pour aider, et on se rend compte que la destruction de l'entité se produit à travers toutes les périodes.
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