Le joueur joue le rôle d'un Prinny (CV : Junji Majima) chargé d'enquêter sur la tentative « d'assassinat » du suzerain Laharl. Disgaea Infinite commence par un voyage dans le temps où le personnage principal possédera d'autres personnages pour obtenir des informations et rassembler des indices pour résoudre les mystères.
Le jeu se déroule dans le Netherworld de Disgaea 1. En tant que tel, plusieurs personnages importants de ce royaume apparaissent dans le jeu, notamment Laharl, Etna, Flonne, Prinnies (et le personnage principal Prinny), Jennifer, le capitaine Gordon et Thursday. Le jeu présente également Mao et Raspberyl de Disgaea 3 comme personnages principaux. Asagi fait aussi une apparition mineure.
Le jeu commence avec la rencontre du personnage principal Prinny avec Etna, Flonne et Laharl. Laharl recherche le pudding super rare qu'il pense que l'Etna cache. En nettoyant la chambre de Laharl, il trouve un objet de montre, qui se révèle plus tard être Tick Tock.
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