Dark Colony se déroule dans un univers de science-fiction mettant en scène des humains et des extra-terrestres nommés Taar se combattant pour le contrôle de la planète Mars.
En 2002, les humains découvrent sur Mars une « source d'énergie universelle » sous la forme d'un gaz nommé «Petra-7». L'atmosphère de la planète Mars ne permettant pas d'extraire directement le gaz, celle-ci est terraformée pendant plusieurs années par les humains afin de la rendre habitable. Après cette terraformation, les premiers colons humains mandatés par de grandes corporations arrivent sur Mars en 2137 afin de commencer les extractions de Petra-7. Tout semble se dérouler correctement jusqu'à l'apparition de pannes et incidents inexpliqués laissant soupçonner une présence extra-terrestre sur la planète.
Les Grays sont une race issue d'une lointaine planète nommée Zeta Recticulum. Afin de fuir leur astre d'origine qui est surpeuplé et pollué, ceux-ci cherchent pendant plusieurs siècles une planète capable des les accueillir. Ayant envoyé des explorateurs sur Terre ils seraient à l'origine de l'Incident de Roswell et de divers enlèvements réalisés afin de mieux connaitre les humains. Bien que Mars puisse leur convenir, ils ne peuvent l'habiter sans se débarrasser des humains déjà présents.
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