Cave Story propose un mélange d'action et de plateforme, avec une vue en deux dimensions. Le joueur contrôle Quote, un personnage capable de sauter, d'utiliser des armes et des accessoires qu'il obtient successivement au cours de l'aventure. Les niveaux dans lesquels il évolue présentent des obstacles, mais aussi de l'action puisque des ennemis sont présents. La fin d'un niveau est généralement suivie d'un affrontement avec un boss, Balrog étant un adversaire récurrent.
L'espace de jeu n'est pas une succession linéaire de niveaux. En effet, l'univers dans lequel se déroule l'intrigue, une île volante, est organisé de manière cohérente et ouverte. Le village Mimiga est le centre de cet espace. C'est dans ce lieu paisible que résident les personnages principaux. Il donne accès, par des téléporteurs et des passages, aux différentes zones de l'univers. (Source : Wikipedia)
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