La version originale japonaise de Bionic Commando situait le personnage dans une bataille contre une armée nazie futuriste. Le boss final était Adolf Hitler, ayant été ressuscité par de vils scientifiques. Toutes les références au nazisme ont été supprimées dans la version américaine : les ennemis ont été renommées Badds au lieu de Nazis et la difficulté globale du jeu a été réduite. Le nom du boss final est alors devenu "Master-D", bien qu'il ressemblait encore clairement à Hitler. La séquence de fin du jeu était plutôt sanglante, on y voyait la tête du boss explosée, et cela resta dans la version américaine du jeu ; quelque chose d'assez inhabituel si l'on considère l'importante tendance à la censure de la part de Nintendo à cette époque. Tous ces changements sont restés dans la version européenne, même si le manuel du jeu mentionnait encore les Nazis. L'histoire dans la version anglaise commence par la recherche de Super Joe, le personnage principal de Commando.
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