Abstergo s'intéresse de près au trésor mythique du célèbre pirate français Olivier Levasseur. Cherchant à s'en emparer, la compagnie utilise l'Animus pour contrôler le jeune flibustier nommé Alonzo Batilla ayant longtemps côtoyé La Buse (le surnom de Levasseur). Le joueur se retrouve donc à sillonner les Caraïbes du XVIIIe siècle en arborant le pavillon noir. Cette histoire est divisé en six chapitres.
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