En 2525, l'espace est à nouveau menacé. Seul le légendaire Super Jet Plane SYD peut vaincre l'armada envahissante et détruire le Fulvalence Groma.
Alpha Mission II est un jeu de tir de haut en bas à défilement vertical et la suite d'Alpha Mission. Lorsque le jeu commence, le joueur choisit deux armures pour son SYD, et des armures supplémentaires peuvent être achetées à la fin de chaque niveau. Les armures ajoutent une puissance de feu supplémentaire au navire lorsqu'elles sont équipées et seront détruites lorsqu'elles seront tirées, sauvant ainsi le navire d'un seul coup. Les armes principales du SYD, un laser droit et des bombes qui tombent, peuvent être améliorées à partir d'icônes larguées par des ennemis spécifiques. De la même manière que les cibles terrestres précédentes ne peuvent être touchées que par des bombes, tandis que les cibles aériennes ne peuvent être touchées que par des lasers.
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