À leur retour des vacances d'été, les élèves de l'Académie de Ninjutsu découvrent qu'à cause d'une erreur de Komatsuda, tous leurs devoirs de vacances ont été mélangés. Kisanta, qui avait reçu un devoir de sixième année, a disparu après avoir tenté de s'introduire clandestinement dans le château d'Oomagatoki pour voler le fundoshi de leur seigneur. Un groupe comprenant Shinbei et Kirimaru est envoyé à son secours, mais comme Oomagatoki est en guerre contre le château de Tasogaredoki, la mission s'annonce difficile.
Parallèlement, l'Académie de Ninjutsu reçoit une demande d'aide d'un village touché par la guerre, et Rantarou, accompagné des élèves et professeurs restants, se rend sur place pour prêter main-forte.
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